Local Configuration — Qiskit 0.36.1 documentation に従って ~/.qiskit/settings.conf
に設定を書けば良いらしい。
サンプルとしては https://github.com/qiskit-community/qiskit-textbook/blob/main/.qiskit/settings.conf にある
[default] circuit_drawer = mpl
である。ついでに Setting Up Your Environment を参考に ~/.ipython/profile_default/ipython_kernel_config.py
に
c.InlineBackend.figure_format = 'svg'
と書くと良いらしい。