epstopdf

find . -name "*.eps" -exec epstopdf {} \;

で .eps を一気に .pdf にできた。参照については

find . -name "*.tex" -exec perl -pi -e "s/\.eps/\.pdf/g" {} \;

で一気に訂正できる。

import glob
import os

for f in glob.glob("*.eps"):
    cmd = f"ps2pdf -dEPSCrop {f} {f[:-3]}pdf"
    os.system(cmd)

という手も。