ということで

font = Glyphs.font
font.customParameters["glyphOrder"] = []
font.customParameters["glyphOrder"] = [g.name for g in font.glyphs]
print font.glyphOrder()

などとすればGlyphsのオヌヌメのグリフ順が表示される感じ、ですかね！一旦カスタムパラメータの
glyphOrder をぶっ飛ばしてからオヌヌメをぶっこみ直して glyphOrder でとってみる的な。まぁ、 customParameters["glyphOrder"] と glyphOrder() は同じかもしれないけど。確証を得たかったのだけどなぁ。